Position: Postdoc in Single Cell Mutagenesis

Abteilung: Artificial Intelligence in Oncology

Kennziffer: 2021-0034

Das Deutsche Krebsforschungszentrum ist das größte biomedizinische Forschungszentrum Deutschlands. Mit über 3.000 Beschäftigten betreiben wir ein umfangreiches wissenschaftliches Programm auf dem Gebiet der Krebsforschung.

The laboratories of Dr. Moritz Gerstung (Division of Artificial Intelligence in Oncology ) and Dr. Duncan Odom (Division of Regulatory Genomics and Cancer Evolution) study how the cancer genome evolution is shaped by the interplay of DNA damage and repair. To understand how genetic sequences become corrupted and how this can lead to human tumours, our collaborative efforts design, perform, and computationally integrate a diversity of experiments, including single-cell sequencing, functional cell and genome analysis, and spatial transcriptomics. The Gerstung lab will join the Functional and Structural Genomics programme of the German Cancer Research Center (DKFZ), which is home to the Odom lab, in the dynamic and exciting academic landscape of Heidelberg in the summer of 2021.

 

Ihre Aufgaben:

This collaborative project will dissect how chemotherapeutics and related mutagens interact with DNA repair pathways by a systematic and single-cell based assessment of exposure experiments coupled to microfluidics, live cell imaging, whole genome and transcriptome sequencing, and cellular phenotyping. Cells from different DNA repair deficient human cell lines will be exposed to genotoxins at different doses and cultivated for 5-10 generations to create single-cell derived colonies. The underlying distribution of DNA lesions, their genotoxic triggers, estimated repair efficiency from different knockouts and segregation rates, as well as the kinetics of pro- and antimutagenic forces from each component of DNA repair will be quantified. One possible direction is to further study the evolution of complex structural variants arising from stalled replication, which cannot be overcome by translesion synthesis, particularly in TLS deficient lines.

The postdoctoral fellow will be responsible for project management, experimental method development and optimisation, collection and analysis of novel and large genomic datasets. In addition, close collaboration with computational biologists, as well as direct training in advanced bioinformatics methodologies, will be expected

 

Ihr Profil:

We are seeking a postdoctoral research fellow with extensive molecular biology/genomics expertise to join our efforts who is collaborative, ambitious, meticulous, scientifically adventurous, and curiosity-driven. Prior research experience in single-cell methodologies, spatial transcriptomics, transcriptional regulation, epigenetics, and bioinformatics would be advantageous; we also encourage applications from accomplished graduate students seeking to switch research fields.

 

Wir bieten:

  • Interessanten, vielseitigen Arbeitsplatz
  • Internationales, attraktives Arbeitsumfeld
  • Campus mit modernster State-of-the-art-Infrastruktur
  • Vergütung nach TV-L mit den üblichen Sozialleistungen
  • Möglichkeiten zur Teilzeitarbeit
  • Flexible Arbeitszeiten
  • Sehr gute Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten
  • Zugang zum DKFZ International Postdoc Program

Beginn: as soon as possible

Befristung: Die Stelle ist zunächst auf 2 Jahre befristet. Eine Verlängerung ist möglich.

Die Stelle ist grundsätzlich teilbar.

Bewerbungsschluss: 06.03.2021

Weitere Informationen: 

Frau  Silvia Fuchs 
Telefon +49 (0)6221/42-2747

Bitte beachten Sie, dass Bewerbungen per E-Mail nicht angenommen werden können.


Das DKFZ strebt eine generelle Erhöhung des Frauenanteils in allen Bereichen und Positionen an, in denen Frauen unterrepräsentiert sind. Qualifizierte Kandidatinnen sind daher besonders angesprochen, sich zu bewerben.

Menschen mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt.

Bitte bewerben Sie sich unter Angabe der Kennziffer vorzugsweise über unser Online-Bewerbertool (https://www.dkfz.de/de/stellenangebote/index.php).

Wir bitten um Verständnis dafür, dass wir per Post zugesandte Unterlagen (Deutsches Krebsforschungszentrum, Personalabteilung, Im Neuenheimer Feld 280, 69120 Heidelberg) nicht zurücksenden und Bewerbungen per Email nicht angenommen werden können.