Software Developer

Kennziffer: 2025-0106

Heidelberg
Full-time
Omics IT and Data Management Core Facility (ODCF)

„Forschen für ein Leben ohne Krebs“ – das ist unsere Aufgabe am Deutschen Krebsforschungszentrum. Wir erforschen, wie Krebs entsteht, erfassen Krebsrisikofaktoren und suchen nach neuen Strategien, die verhindern, dass Menschen an Krebs erkranken. Wir entwickeln neue Methoden, mit denen Tumore präziser diagnostiziert und Krebspatient:innen erfolgreicher behandelt werden können. Jeder Beitrag zählt – ob in der Forschung, in der Administration oder der Infrastruktur. Das macht unsere tägliche Arbeit so bedeutungsvoll und spannend.

For The Core Facility Omics IT and Data Management we are seeking for as soon as possible a

The Omics IT and Data Management Core Facility at the German Cancer Research Center (DKFZ) provides comprehensive support for large-scale omics projects, including secure data storage, high-throughput analysis, and tailored software solutions. By collaborating closely with researchers, we ensure robust bioinformatics pipelines and efficient workflows to drive breakthroughs in cancer research. To achieve this we develop custom software for data management and workflow execution.

Ihre Aufgaben:

We are looking for a software developer to work at the interface of the two in-house developed open-source applications WESkit (https://gitlab.com/one-touch-pipeline/weskit) and OTP (https://gitlab.com/one-touch-pipeline/otp).

WESkit is a Workflow Execution Service (https://github.com/ga4gh/workflow-execution-service-schemas) and submits bioinformatic workflows implemented with Snakemake or Nextflow into our high-throughput cluster. The One-Touch Pipeline (OTP) is a metadata management and workflow orchestration or meta-workflow management system specialized on biological high-throughput data. Our short-term goal is to let OTP submit and manage all workflow executions via WESkit. The long-term goal is to develop WESkit into a standalone workflow execution service for the research community, including its interaction with other GA4GH standards (https://www.ga4gh.org/our-products/#), such as TES, TRS, or DRS.

Your main activities will be:

Work in a small team on making WESkit production ready
Communicate with and support the OTP team in WESkit's installation, interfaces, and operation

Ihr Profil:

The following skills are particularly important for this position:

Python, including typed Python using Mypy, Celery, Flask
Teamwork and communication, including working in a distributed team
Agile software development, e.g. SCRUM
Container technologies, in particular Docker and Singularity

The following topics are relevant and experience in them is considered a bonus:

Software design and architecture
Object-oriented design patterns
Building robust, scalable, usable, production-quality software
Workflow management systems, in particular Snakemake and Nextflow
High-throughput cluster systems, in particular IBM LSF and SLURM
Kubernetes, Helm
OAuth2
Java, Groovy, Grails, Hibernate, Spring, Gradle (OTP software stack)

Knowledge of bioinformatics is not required, but you should be motivated to understand the domain.

The applicant must hold a university degree (including of applied sciences) in computer science, or a related field. Excellent communication and organization skills and proficiency in English are mandatory.

Unser Angebot:

Hervorragende Rahmenbedingungen: modernste state-of-the-art Infrastruktur und Möglichkeit zum internationalen Austausch auf Spitzenniveau
30 Tage Urlaub
Flexible Arbeitszeiten
Vergütung nach TV-L inkl. betrieblicher Altersvorsorge und vermögenswirksamer Leistungen
Möglichkeit zur mobilen Arbeit und Teilzeitarbeit
Familienfreundliches Arbeitsumfeld
Nachhaltig zur Arbeit: Vergünstigtes Deutschland-Jobticket
Entfalten Sie Ihr volles Potenzial: gezielte Angebote für Ihre persönliche Entwicklung fördern Ihre Talente
Unser betriebliches Gesundheitsmanagement bietet ein ganzheitliches Angebot für Ihr Wohlbefinden

Sie sind interessiert?

Dann werden auch Sie Teil des DKFZ und tragen gemeinsam mit uns zu einem Leben ohne Krebs bei!

Ihre Ansprechperson:
Dr. Ivo Buchhalter
Telefon: +49 (0)6221/42-3566

Befristung: Die Stelle ist zunächst auf 2 Jahre befristet. Eine Verlängerung ist möglich.

Bewerbungsschluss: 06.05.2025

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Bitte beachten Sie auch, dass wir per Post eingereichte Bewerbungen nicht zurückschicken können.

Wir sind davon überzeugt: Ein innovatives Forschungs- und Arbeitsumfeld lebt von der Vielfalt seiner Beschäftigten. Daher freuen wir uns über Bewerbungen von talentierten Menschen, unabhängig von Geschlecht, kulturellem Hintergrund, Nationalität, ethnischer Zugehörigkeit, sexueller Identität, körperlichen Fähigkeiten, Religion und Alter. Menschen mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung bevorzugt.

Hinweis: Wir unterliegen den Vorschriften des Infektionsschutzgesetzes (IfSG). Deshalb müssen alle unsere Beschäftigten einen Immunitätsnachweis gegen Masern vorlegen.