Bioinformatician/NextFlow Developer
Kennziffer: 2025-0204
- Heidelberg
- Full-time
- Next Generation Sequencing Core Facility
„Forschen für ein Leben ohne Krebs“ – das ist unsere Aufgabe am Deutschen Krebsforschungszentrum. Wir erforschen, wie Krebs entsteht, erfassen Krebsrisikofaktoren und suchen nach neuen Strategien, die verhindern, dass Menschen an Krebs erkranken. Wir entwickeln neue Methoden, mit denen Tumore präziser diagnostiziert und Krebspatient:innen erfolgreicher behandelt werden können. Jeder Beitrag zählt – ob in der Forschung, in der Administration oder der Infrastruktur. Das macht unsere tägliche Arbeit so bedeutungsvoll und spannend.
For a parental leave replacement, we are seeking for our Next Generation Sequencing Core Facility from October 2025 a
With a fleet of different Illumina and Oxford Nanopore instruments, the NGS Core Facility generates enormous amounts of high-throughput data each and every week. The sequencing results and the subsequent bioinformatic interpretation of the data will allow for targeted diagnosis and treatment of cancer patients throughout Germany in the near future.
To support the migration of our existing quality control (QC) pipeline to Nextflow on a high-performance computing (HPC) environment, we are seeking a bioinformatician/NextFlow developer starting in October 2025.
Ihre Aufgaben:
- Analyze and understand the structure and dependencies of the current QC pipeline
- Refactor and implement the pipeline using NextFlow best practices
- Ensure compatibility with the HPC infrastructure
- Optimize resource allocation and job parallelization for efficient workflow execution
- Create comprehensive documentation and develop robust testing strategies for the new workflow
Ihr Profil:
- University degree (master, preferable with doctorate) in bioinformatics, computational biology, medical informatics or a related field alternatively
- At least 3 years of professional experience
- Proficiency with NextFlow and containerization tools (Apptainer or Singularity)
- Strong scripting skills in Python and Bash
- Familiarity with version control like Git and GitLab
- Substantial experience using the Linux command line and utilities
- Ability to process large-scale, complex data sets
- Experience in handling and analyzing data from next generation sequencing platforms (e.g. Illumina, Oxford Nanopore) and using bioinformatic tools commonly used for QC (e.g. FastQC, MultiQC, bwa-mem, etc.)
- Basic knowledge in the field of genomics and biostatistics
You might also have:
- Familiarity with HPC environments and job schedulers (Slurm)
- Fluency in the English language
Unser Angebot:
- Hervorragende Rahmenbedingungen: modernste state-of-the-art Infrastruktur und Möglichkeit zum internationalen Austausch auf Spitzenniveau
- 30 Tage Urlaub
- Flexible Arbeitszeiten
- Vergütung nach TV-L inkl. betrieblicher Altersvorsorge und vermögenswirksamer Leistungen
- Möglichkeit zur mobilen Arbeit und Teilzeitarbeit
- Familienfreundliches Arbeitsumfeld
- Nachhaltig zur Arbeit: Vergünstigtes Deutschland-Jobticket
- Entfalten Sie Ihr volles Potenzial: gezielte Angebote für Ihre persönliche Entwicklung fördern Ihre Talente
- Unser betriebliches Gesundheitsmanagement bietet ein ganzheitliches Angebot für Ihr Wohlbefinden
Sie sind interessiert?
Dr. Angela Schulz
Telefon: +49 (0)6221/42-3408
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