Position: Masterarbeit: iSee mit onkologischen Daten

Department: Medizinische Informatik in der Translationalen Onkologie

Code number: 2019-0239

The German Cancer Research Center is the largest biomedical research institution in Germany. With approximately 3,000 employees, we operate an extensive scientific program in the field of cancer research.

In der translationalen Onkologie sollen durch innovative praxisnahe Softwareprojekte der Medizininformatik die Möglichkeiten zur Weiterverwendung klinischer und wissenschaftlicher Daten verbessert werden. Für die Unterstützung dieser wissenschaftlichen Forschungsprojekte bieten wir in der Abteilung ‚Medizinische Informatik in der Translationalen Onkologie‘ die Betreuung einer Masterarbeit zum Thema „iSee mit onkologischen Daten“ an.

Job description:

Kontext der Masterarbeit:

Der „Interactive SummarizedExperiment Explorer“ (iSee) ist eine Software, die Funktionen zum Erschaffen eines interaktiven, Shiny-basierten grafischen Benutzerinterfaces zum Erforschen (Explorieren) von Daten zur Verfügung stellt. Besonders gut können damit Daten aus Experimenten an einzelnen Zellen („Single Cell Experiments“) visualisiert und in ihrer Dimension reduziert werden.

Diese Software, basierend auf “R”, soll erstmals im DKFZ eingesetzt werden, um hochdimensionale Daten von Krebspatienten des NCT Heidelberg zu analysieren. Mit u.a. den hier gewonnenen Erkenntnissen erhoffen wir uns eine Verbesserung von Therapieoptionen bei Krebspatienten, bei denen alle bisherigen Therapieversuche erfolglos waren.

In der Masterarbeit geht es um die Installation der Anwendung, ihrer Umgebung und das Befüllen mit Daten. Anschließend geht es um die Unterstützung von Wissenschaftlern unserer Abteilung bei der Benutzung, also bei der Exploration der Daten.

Die Masterarbeit wird stets von einem qualifizierten und agil strukturiertem Backend-/Frontend/UX-Team unterstützt.

Requirements:

  • Immatrikulation an einer deutschen Hochschule im Bereich Informatik oder Ähnlichem
  • Kenntnisse in „R“ und den gängigen Frameworks sind sehr hilfreich
  • Kenntnisse mit gängigen Konzepten für Datenhaltung (relationale Datenbanken und SQL) sind vorteilhaft
  • Geringe Erfahrungen in der Web-Entwicklung (JSF, REST) reichen aus
  • Kommunikativer Teamplayer mit guten Deutsch- und Englischkenntnissen
  • Hohes Maß an Zuverlässigkeit und Genauigkeit in der Datenarbeit
  • Hohe Motivation und selbstverantwortliches Arbeiten
  • Offenheit zur agilen Zusammenarbeit (SCRUM)

We offer:

  • Interesting, versatile workplace
  • International, attractive working environment
  • Campus with modern state-of-the-art infrastructure
  • Access to international research networks
  • Flexible working hours
  • Comprehensive further training program

Earliest Possible Start Date: zum nächstmöglichen Zeitpunkt

Duration: The position is limited to 6 months.

Application Deadline: 28.08.2019

Contact:

Tanja Höpker
Phone +49 (0)6221/42-5135

Please note that we do not accept applications submitted via email.


The German Cancer Research Center is committed to increase the percentage of female scientists and encourages female applicants to apply. Among candidates of equal aptitude and qualifications, a person with disabilities will be given preference.                           

To apply for a position please use our online application portal (www.dkfz.de/jobs).

We ask for your understanding that we cannot return application documents that are sent to us by post (Deutsches Krebsforschungszentrum, Personalabteilung, Im Neuenheimer Feld 280, 69120 Heidelberg) and that we do not accept applications submitted via email. We apologize for any inconvenience this may cause.