Position: Wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in (m/w/d) der Fachrichtung Informatik, Software Engineering oder Bioinformatik

Department: DKTK Freiburg - Institut für Medizinische Bioinformatik und Systemmedizin des Universitätsklinikums Freiburg

Code number: 2021-0269

The German Cancer Research Center is the largest biomedical research institution in Germany. With more than 3,000 employees, we operate an extensive scientific program in the field of cancer research.

Gemeinsam mit Hochschulpartnern an sieben renommierten Partnerstandorten haben wir das Deutsche Konsortium für Translationale Krebsforschung (DKTK) gegründet. Für den Partnerstandort Freiburg des DKTK sucht das Deutsche Krebsforschungszentrum eine:n Wissenschaftliche:n Mitarbeiter:in der Fachrichtung Informatik, Software Engineering oder Bioinformatik.

Die Clinical Communication Plattform (CCP) ist eine wichtige Komponente des Deutschen Konsortiums für Translationale Krebsforschung und ermöglicht den Austausch von Informationen zu Biomaterialien, Behandlungsdaten und Studienteilnahme über alle Standorte hinweg. Die zentrale Aufgabe ist die Erschließung der für verschiedene Forschungsprojekte im DKTK benötigten Daten in einer entsprechenden Infrastruktur und die Gewährleistung der Zugänglichkeit zur automatisierten Nutzung dieser Daten.

Für die Erstellung der molekular-genetischen Auswertungen wird eine Unterstützung in der Datenaufbereitung und Datennutzung für die bioinformatorischen Datenanalyse von Omics-Daten mit dem Schwerpunkt des Molekularen Tumorboards gesucht.

Über diesen interessanten Tätigkeitsfokus hinaus bieten wir die Möglichkeit zur Qualifizierung in einem technisch und wissenschaftlich hoch innovativen Umfeld am Universitätsklinikum Freiburg sowie die Mitarbeit in einem interdisziplinären Team im Bereich der Systemmedizin, des Krebszentrums, der Krebsregistrierung und dem Biobanking.

Das Translationszentrum ist in den Räumlichkeiten des Instituts für Medizinische Bioinformatik und Systemmedizin des Universitätsklinikums Freiburg angesiedelt.

 

Job description:

  • Entwicklung der Datenbankstrukturen und Workflows sowie der Administration des Computer Backends
  • Aufbau und Validierung von Datenbanken
  • Technische Weiterentwicklung und Administration von Systemen zur verteilten Abfrage von Daten
  • Wissenschaftliche Konzeption, Entwicklung und Betrieb von Schnittstellen und Softwarekomponenten für die Umsetzung der Analyse-Pipelines
  • Implementierung von Algorithmen zur Analyse von Genom- und Transkriptomdaten aus Patientenproben und aus der Grundlagenforschung
  • Kommunikation in der Arbeitsgruppe und zwischen den unterschiedlichsten Disziplinen (z.B. Informationstechnologie, Bioinformatik, Onkologie, Molekulare Medizin, Biologie)
  • Darstellung der Datenanalyse in Form von Präsentationen und Reports bei Tagungen
  • Mitarbeit an Publikationen in nationalen und internationalen Journals

Requirements:

  • Abgeschlossenes Hochschulstudium in Informatik, Bioinformatik, Software Engineering oder einer vergleichbaren Fachrichtung
  • Erfahrung in der Informatik (Informations- und Telekommunikationstechnik) und/oder Softwareentwicklung und Bioinformatik (Auswertungen von Sequenzierungsdaten aller Art)
  • Fundierte Kenntnisse in der Konzeption und Entwicklung von Software hinsichtlich objektorientierter Entwurfsmuster
  • Wünschenswert sind Kenntnisse in den Bereichen Java, JavaScript, SQL, XML, HTML
  • Kenntnisse in wissenschaftlicher Programmiersprache (z.B. R, Java, Python)
  • Interesse an biologischen / medizinischen Fragestellungen und Bereitschaft zu interdisziplinärer Arbeit
  • Schnelle Auffassungsgabe, selbstständiges Arbeiten
  • Ausgeprägte Kommunikationsstärke sowie Organisations- und Teamfähigkeit
  • Selbstständige und zielorientierte Arbeitsweise, Zuverlässigkeit und die Bereitschaft, Neues zu lernen

 

Bei Fragen zu Ihrer Bewerbung wenden Sie sich bitte an Frau Dr. Anja Hernández, Telefon +49 (0)761/270-22810.

Bei inhaltlichen Fragen wenden Sie sich bitte an Frau Miriam von Scheibner, Telefon +49 (0)761/270-84673; E-Mail: ibsm.assistenz@uniklinik-freiburg.de.

We offer:

  • Interesting, versatile workplace
  • International, attractive working environment
  • Campus with modern state-of-the-art infrastructure
  • Salary according to TV-L including social benefits
  • Possibility to work part-time
  • Flexible working hours
  • Comprehensive further training program
  • Access to the DKFZ  International Postdoc Program

Earliest possible start date: zum nächstmöglichen Zeitpunkt

Duration: The position is initially limited to 2 years with the possibility of prolongation.

The position can in principle be part-time.

Application deadline: 25.09.2021

Contact:

Dr. Anja Hernández
Phone +49 (0)761/270-22810

Please note that we do not accept applications submitted via email.


The DKFZ is committed to increase the proportion of women in all areas and positions in which women are underrepresented. Qualified female applicants are therefore particularly encouraged to apply.

Among candidates of equal aptitude and qualifications, a person with disabilities will be given preference.

To apply for a position please use our online application portal (https://www.dkfz.de/en/stellenangebote/index.php).

We ask for your understanding that we cannot return application documents that are sent to us by post (Deutsches Krebsforschungszentrum, Personalabteilung, Im Neuenheimer Feld 280, 69120 Heidelberg) and that we do not accept applications submitted via email. We apologize for any inconvenience this may cause.